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​​​科研绘图必备之ChemDraw:你可能忽略的基本技巧(二)

利刃君 投必得学术 2022-05-07

ChemDraw是一款专业的化学结构绘制工具,它是为辅助专业学科工作者及相关科技人员的交流活动和研究开发工作而设计的。它给出了直观的图形界面,开创了大量的变化功能,只要稍加实践,便会很容易地绘制出高质量的化学结构图形。软件使用范围广泛,可用于设计化学图、分析化学实验制作各种样式的实验分析图、制作3D模型、管理验数据以及绘制化学结构、反应式以及生物通路图等,为化学工程、分析化学、有机化学、材料科学、高分子材料以及生物医药等方面提供了完美的解决方案。
前面的推文中,我们为大家介绍了科研绘图必备之ChemDraw:你可能忽略的基本技巧(一),本期内容小编继续为大家介绍ChemDraw的使用技巧,希望能帮助大家更快的掌握ChemDraw这款软件。

1

标记同位素及电荷


化学元素中同位素的标记即在原子的左上角标记质量数。首先在要标记同位素的原子前输入质量数,然后选择输入的质量数,单击工具栏中的上标按钮即可。

标记电荷与同位素标记类似,在原子标记的位置输入相应的元素,然后输入正电荷(+)或负电荷(-),随后选中正或负电荷,然后单击工具栏中的上标按钮,即可完成电荷的标记。

2

绘制箭头、弧及其他图形


在化学结构式和反应方程式的绘制中经常会用到箭头,ChemDraw中有大量的箭头工具可以使用,单击图形工具箱中的箭头工具打开箭头工具面板,可根据需要进行选择。按住Shift键并将光标指向箭头头部,同时按住鼠标左键拖动可进行箭头的拉伸、缩短和转向。

单击图形工具箱中的基元工具即可打开基元工具面板,基元工具面板中包含一些球形工具、线工具、方框工具和弧形工具。球形工具可用于绘制3D分子工具;线工具用于绘制直线、虚线以及波浪线等;方框工具可以把所绘结构放到方框中,更为正规;弧形工具可以绘制固定角度的弧,配合使用Shift键可以进行弧的旋转和调整大小等操作。


绘制曲线可借助图形工具箱中的钢笔工具进行绘制,可通过控制曲线的弧度获得各种各样的曲线类型。

3

绘制共轭苯环


绘制共轭苯环的方法非常简单,只需选择图形工具箱中的环己烷工具,然后按住Ctrl键,即可在绘图区鼠标单击绘制得到苯环的共轭式。


4

绘制轨道及化学符号


轨道工具主要用于化学结构绘图中的电子轨道绘制。在ChemDraw中可快速的绘制s-轨道、p-轨道、d-轨道等多种轨道。只需在图形工具箱中的轨道工具面板选择合适的轨道即可绘制。



5

绘制反应设备


ChemDraw中提供了许多反应设备的模型,我们可以很方便地通过模板工具中的“Clipware,part 1”和“Clipware,part 2”模板工具来选择不同的反应设备或实验用品。通过选择不同的装置并进行合理的组合可以搭建出各种反应装置。



6

ChemDraw与Word

及Chem3D关联


①与Word关联

我们可以直接在Word中编辑化学结构式,这样如果化学结构式有错误时,可以很方便地进行修改。绘制好结构图形时,通过Ctrl+C复制图形,在Word中直接Ctrl+V粘贴即可,此时,化学结构式以“CS ChemDraw Drawing对象”的形式出现在Word中,选择Word中化学结构式的图形,右键选择“CS ChemDraw Drawing对象”>Edit,即可在Word中直接弹出结构式的修改窗口。当然,也可双击该结构,直接跳转至ChemDraw中进行修改,修改完成后,直接关掉ChemDraw窗口,返回到Word窗口,即可以看到化学结构式已同步修改。

②与Chem3D关联
除了2D结构外,很多时候需要构建3D结构,这时就需要使用到Chem3D。选中结构后,在菜单栏点击View>Show Chem3D HotLink Window即可显示Chem3D预览窗口,可以看到该结构的3D结构,在预览窗口中可以进行一些基本操作,如:移动、选项、缩放、转动、摇摆等。如果需要执行更多操作,可以点击左下角的Launch Chem3D浮动按钮,打开Chem3D软件。

Chem3D中可以实现更多功能,有关Chem3D的使用方法,我们会在之后的推文中详细说明。

7

绘制薄层色谱


薄层色谱,或称薄层层析(thin-layer chromatography),是分析化学中的常用分析工具。在ChemDraw中可以很方便地绘制薄层色谱。在绘图工具中找到薄层色谱图(TLC)即可绘制,在绘图区单击,在弹出的“Insert TLC Plate”对话框可输入色谱标记点的数目,可得到TLC模板;


右击绘制的TLC模板,在弹出的快捷菜单中选择“Add Lane”来横向加点,选择“Add Spot”来纵向加点;通过这两种方式可在色谱图中添加点样,所加的色谱点可以有多种形式,在绘图区右击,可以改变点的形状、空心和实心;
 

通过按住Shift移动光标可改变点样形状,当然我们上期为大家介绍的按住Ctrl键并移动点,可以在同一垂直线上增加点;选择TLC图片,将光标移动至边框上,可以调整TLC图的长、宽;

选择色谱点,右键在快捷菜单中选择“Color”中的颜色可以任意设置点样的颜色;

显示Rf值,Rf值全称是Retention Factor Value,又称比移值,是纸上层析法估算平面色谱的专业术语。纸上层析法的原理是溶剂从原点渗透到距离a(一般在20-30厘米时测定)的时候,如果位于原点的物质从原点向前移动到b,那么b/a的值(0.0-1.0)就是这种物质的Rf值。在绘制的薄层色谱图中,选中色谱点,右键在快捷菜单栏中点击“Show Rf”即可。

8

化学式转化为化学结构式


在ChemDraw中,可以直接由化学式转换为化学结构式,选中化学式后,在菜单栏点击Structure>Expand Label即可。


9

增加化学结构的中心


绘制化学结构时,有时需要增加化学结构的中心,ChemDraw中可以自动添加化学结构的中心。选中环结构后,在菜单栏点击Structure>Add Multi Center Attachment,结构中心即多出一个星号,为结构中心。


10

建立自己的结构库


对于经常需要绘制的结构来说,我们可以建立自己的结构库,之后作图时只需调用结构库中的模板即可,能够节省大量的时间。在图形工具栏中找到模板工具,鼠标左键按住后选择New Templates,在新打开的窗口中绘制需要添加模板的结构即可,画好之后,关闭该窗口,提示是否保存,点击OK保存即可,下次使用时即可从模板工具中找到该结构。


以上就是为大家分享的ChemDraw使用的一些技巧,觉得有用的小伙伴可以收藏备用哦~




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